VMD دیدن نتایج شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

یکی از مشکلاتیکه در تدریس دینامیک مولکولی با آن مواجه بودم٬ معرفی یک نرم‌افزار مناسب برای دیدن نتایج شبیه‌سازیها بود. از قبل با نرم افزار VMD که در حقیقت مخفف Visual Molecular Dynamics هست آشنا بودم، ولی نمیدونستم میشه این نرم افزار رو به عنوان نرم افزار آموزشی توی درس محاسباتی گنجوند یا نه!

حالا که بیشتر با این نرم افزار آشنا شدم نحوه نصب اونرو اینجا میارم. در یک پست دیگه سعی میکنم ساده ترین روش کار کردن با اونو بیارم.

باید ابتدا به سایت VMD مراجعه کرده و فایل سورس اونو دانلود کنیم، از اینجا:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

هم ویرایش ویندوز داره، هم لینوکس.
برای ویندوز که فایلش رو دانلود و نصب می کنیم.

در لینوکس، وابسته به نوع کامپیوتر، یکی از نسخه ها رو دانلود می کنیم، مثلا LINUX OpenGL. سپس فایل رو با دستور

tar -xvzf vmd-1.8.4.bin.LINUX.opengl.tar.gz

باز میکنیم. ابتدا باید آنرا configure کنیم، برای سیستم خودمون. وارد فولدر مربوطه میشویم:

cd vmd-1.8.4

و برای لینوکس این نرم افزار را آماده نصب می کنیم:

./configure LINUX

سپس به فولد src می رویم و نرم افزار را نصب می کنیم:

cd src
make install

البته برای قسمت آخر باید اختیارات روت داشته باشیم تا نرم افزار نصب شود.

اخیرا در بعضی از سیستمهای عامل که این نرم افزار را نصب می‌کردم اشکالی به وجود می آمد. بعد از نصب صفحه‌ی کامند vmd باز و بسته می‌شد و نرم‌افزار درست کار نمی‌کرد. این اشکال از چند جا ممکن است ناشی شود. سیستم عامل فونت مناسب xterm را ندارد، و یا اینکه xterm روی سیستم نصب نیست و یا ورژنهای قدیمی "libstdc ++" موجود نیست. برای رفع هر یک از این اشکالات باید نرم‌افزارهای مربوطه را بر روی سیستم عامل خود نصب نمایید. مثلا در فدورا می‌توانید با دستور yum این کار را انجام دهید.

در هنگام کار کردن با این نرم افزار بعضی چیزهای دیگر هم یاد گرفتم به مرور به این پست اضافه می‌کنم؛ البته اینها را از خانم هنگامه شمس یاد گرفتم.
اگر با gromacs کار می‌کنید، و نتیجه‌ی شبیه‌سازی شما در یک فایل شامل مسیرهای شبیه سازی ( با پسوند trr) ریخته شده است، ابتدا آنرا لود کنید. سپس منوی زیر را دنبال کنید:

Graphics -> Representations -> Create Rep

و در این صورت شما می‌توانید نتایج شبیه‌سازی را ببینید. با انتخاب Drawing Method مناسب ( مثلا bond و یا CPK و یاDynamic bonds ) می توانید نتایج را ببینید.

واژگان---------------------

Source file, Gromacs, Trajectory file.