نرم‌افزار VMD: نسخه جدید

یک پست خیلی قدیمی توی این وبلاگ هست، درباره این نرم افزار که به نظر میاد خوشبختانه مورد توجه قرار گرفته.

در نسخه جدید این نرم‌افزار ( ( Version 1.9 (2011-03-14 ) فایلهای خروجی نرم‌افزار لمپس (LAMMPS) هم جزو فایلهای استاندارد ورودی قرار گرفته و میتونیم با لود کردن یک dump فایل و انتخاب نوع (LAMMPS trajectory) به عنوان نوع فایل ورودی، نتایج شبیه سازی‌های لمپس رو هم بدون مشکل با VMD ببینیم.

اگر سیستم عامل کامپیوتر شما لینوکس ۳۲ بیتی است، کافیست فایل نسخه

LINUX OpenGL, CUDA (Linux (32-bit, RHEL4 or later) with CUDA)

را دانلود و نصب کنید.

یک مشکلی در نصب این نرم‌افزار روی سیستم اوبونتوی ۱۰.۰۴ داشتم که به کمک دکتر سید علایی رفع شد. برای نصب اون احتیاج به OpenGL هست، و اون چیزی که برای نصبش لازمه نسخه libgl1-mesa-swx11 و بسته‌های مربوط به اون هست. من قبلا OpenGL داشتم ولی نسخه دیگری بود، که با VMD همخوانی نداشت و که پس از نصب، موقع اجرا ایراد می‌گرفت. پس از نصب libgl1-mesa-swx11-i686، libgl1-mesa-swx11، libosmesa6، و x11proto-gl-dev مشکل حل شد.

لازم به ذکر است که نسخه جدید CUDA رو هم پشتیبانی میکنه و اگر یکی از کارتهای گرافیکی انویدیا با قابلیت کودا داشته باشید، میتونید حظ وافر از سرعت اون ببرید.

واژگان:
Linux, Ubuntu

وقایع نادر در داده های تصادفی - نرخ ارز

این ترم درس فرایندهای تصادفی و تحلیل آنها رو داشتم. توی این درس کلی راجع به پیش بینی بازار بورس و نرخ ارز و نفت و غیره و تحقیقاتی که ملت در سراسر دنیا و ایران میکنند صحبت کردم. درباره اینکه دولتها و سرمایه‌دارها کلی خرج می‌کنند که بازار رو پیش بینی کنند.

آخر ترم می خواستم برم سفر، که ماجرای خرید یورو من هم از اینجا شروع شد:
گفتند از وقتی که ویزا و بلیت ردیف بشه میتونی بری به بانک و یورو بگیری. بانکهای شعبه ارزی یورو تا ۲۰۰۰ تا با قیمت دولتی میدن، که مجبور نشی پول اضافه به دلال ها بدی! گفتم چقدر فرقشه؟ از یک صرافی پرسیدم، گفت ۱۷۵ تومان حدودا فرقشه، یعنی تو ۱۰۰۰ تا میشه ۱۷۵ هزار تومان.
خوب کدوم بانک؟ --همه بانکا دارند، ولی همشون نمیدند. ما هم که همیشه آخر وقت میریم دنبال کارا چند روز مونده به سفر رفتم یه چند تا بانک سر زدیم.
اولی: --شما تو شعبه ما حساب نداری، فقط به مشتری های خودمون میدیم.
دومی: --سفرت کی هست؟ شنبه. --باشه برو ۴ شنبه بیا بگیر. اسمت رو تو لیست مینویسم، ۴ شنبه ساعت ۱۱ بیا.
خوب من دیگه بانک دیگه ای هم سر نزدم، و گفتم ۴ شنبه میرم از این میگیرم. ۴ شنبه صبح رفتم بانک، با شعف فراوان میگه --گرون شده! دیگه تک نرخی شده!!
همینطور هم بهش تلفن میزنند، و هی با خوشحالی میگفت من که بهتون گفتم زیاد بخرید، گرون میشه و از این حرفا!
اومدم بیرون، به بانک دیگه سر زدم نداشت. بعدش به یه صرافی زنگ زدم اونا هم گیج بودن، گفتند که هنوز قیمت بازار در نیومده، تا ۱۲ ظهر طول میکشه! ولی با این اوصاف بهتره بخری، چون الان بازار اصلان نمیفروشند!
منم مجبور شدم ۱۰۰۰ تا خریدم، مثل من هم بودن که مجبور بودن، پول ریختند و خریدند.
حالا ما اومدیم، بعدش معلوم شده که برای بررسی بازار، و پاسخ بازار به شوک!!! یک روزه نرخ رو زیاد کردن، ببینن چی میشه!
حالا که حدود ۲۵ روز گذشته، نرخ برگشته سر جاش، حتا یه مقدار هم پایین تر!
من این یورو های که خریدم رو بخوام به بانک بفروشم، ۲۰۰ هزار تومان ضرره! تنها اگه به همون دلال ها بفروشم میتونم این ضرری که بانک بهم زده رو تا یه جاهایی جبران کنم!!!
تو رو خدا به این منحنی نگاه کنید، چه میبینید؟!
http://www.cbi.ir/exrates/rates_fa.aspx

اون نوک قله زمان خرید بنده است!

مشکل Titlebar در دسکتاپ گنوم

یه اتفاقی توی لپ-تاپم افتاده بود که هر نرم‌افزاریا صفحه یا ترمینال جدید باز می کردم، آنرا تمام صفحه (fullscreen) میکرد و بالای پنجره (Titlebar) رو نشون نمی‌داد!

علاج این واقعه رو پیدا کردم. باید از windows-manager استفاده کرد و اینرا درست کرد. در حقیقت این مسئله ربطی به دسکتاپ ندارد و برای تغییر آن باید به تنظیمات ویندور-منیجر دست زد.

همین اتفاق برای دسکتاپ اتاقم هم افتاد که آخر سر نتونستم درستش کنم. از شر گنوم خودمو خلاص کردم و رفتم به KDE.

تو لینکهای زیر راه چاره رو نوشته است:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1092502
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1234436

واژگان: Titlebar, Desktop, gnome

سیستم زمانبندی اجرای برنامه‌ها، یا صف

یکی از مهمترین مواردی که در محاسبات کامپیوتری باید در نظر گرفته شود، استفاده بهینه از تجهیزات است. یعنی حداکثر استفاده ممکن از تجهیزات کامپیوتری که در اختیار ما قرار دارد.

اگر مجبور به انجام محاسبات طولانی مدت و اجرای برنامه‌های فراوان هستیم، نمی‌توان گفت که ما به شخصه می توانیم از با برنامه‌ریزی از یک کامپیوتر به صورت بهینه استفاده کنیم. مثلا اگر مجبور به اجرای صد یرنامه هستید، و هر یک می‌تواند مستقلا اجرا شود، و یک کامپیوتر دو هسته‌ای نیز در اختیار دارید چگونه می‌توانیم بدون از دست دادن زمان بین اجراها همه‌ی آنها را اجرا کنیم.

این مسئله هنگامیکه تعداد کامپیوتر‌ها از یکی بیشتر می‌شود اهمیت بیشتری پیدا می‌کند.

یکی از بهترین راه‌های استفاده از تجهیزات برای اجرای برنامه‌های محاسباتی استفاده از سیستم صف است. این سیستم به شما اجازه ما‌دهد که برنامه‌ها را به سیستم مورد نظری که قرار است انها را اجرا کند ارائه (سابمیت) کنید و برنامه‌ها یکی پس از دیگری در صف قرار بگیرند. سپس برنامه ها به صورت مرتب و پشت سر هم -بدون به وجود آمدن وقفه بین اجرای دو برنامه- اجرا شوند. مثلا در مثالی که مطرح شد، چون کامپیوتر دو هسته‌ای است پس در آن واحد دو برنامه می تواند اجرا شود. سیستم صف به محض به اتمام رسیدن هر یک از آن دو برنامه، برنامه بعدی را مه در صف قرار گرفته اجرا می‌کند.

نرم‌افزارهای مختلفی وجود دارند که برای برنامه ریزی و اجرای برنامه‌ها در صف استفاده می‌شوند که از آن جمله PBS، LSF و OGE و Condor و غیره را می‌توان نام برد. بعضی از این نرم افزارها فرای این مسئله به بهینه توزیع نمودن اجرای برنامه های روی سیستمهای عظیم کامپیوتری و تنظیم نحوه استفاده کاربران بر اساس اولویت و حق استفاده آنها نیز می‌پردازند.

در پست‌های بعدی سعی خواهم کرد به بعضی از این سیستمها و نحوه استفاده از آنها اشاره کنم.

واژگان:

Queue
Oracle Grid Engine (OGE)
Portable Batch System (PBS)
Platform LSF
TORQUE Resource Manager
Condor High-Throughput Computing System

کارگاه شبیه سازی دینامیک مولکولی بوسیله نرم‌افزار LAMMPS

قراره کارگاه آموزشی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار LAMMPS را در دانشکده فیزیک دانشگاه تهران اجرا کنیم. این کارگاه، سرآغاز مجموعه کارگاه‌هایی خواهد بود که توسط زیر شاخه فیزیک محاسباتی انجمن فیزیک ایران برگزار می‌شود. در ادامه این کارگاه ها محاسبات موازی و محاسبات با نرم‌افزارهای رایج دیگر نظیر اسپرسو، اسپرسوی کوانتمی، محاسبات کوانتمی و غیره نیز توسط گروه های متخصص دیگر توسط انجمن و با همکاری دانشگاه های دیگر برگزار خواهد شد.

این کارگاه قرار است رنگ و بوی نانو داشته باشد و موضوعاتی چون

آشنایی با شبیه سازی دینامیک مولکولی

شبیه سازی نانوساختارها

شبیه سازی نانولوله‌های کربنی و صفحات گرافین

محاسبه خواص مکانیکی و حرارتی نانوساختارها

شبیه سازی با پتانسیلهای درشت دانه

شبیه سازی سیستمهای زیستی نظیر پروتئینها

مورد بررسی قرار خواهد گیرد.

یکی از نکاتی که ما امیدواریم در این دوره به آن دست پیدا کنیم، همراهی بیشتر شرکت کنندگان با مباحث مطرح شده است. معمولا در کارگاه ها در مدت زمان کوتاه، اطلاعات زیادی به شرکت کنندگان داده می‌شود، درحالیکه شاید آنها فرصت مناسب برای تمرین روی آنها رو نداشته باشند. عملا ما راه‌کاری که برای این دوره در نظر گرفته‌ایم، برگزاری دوره در دو روز با فاصله زمانی یک هفته ای است. در روز اول به شرکت کنندگان اطلاعات اولیه و آموزشهای مقدماتی تر داده خواهد شد. در پایان روز اول آنها عملا قابلیت استفاده از نرم‌افزار و شبیه‌سازیهای ابتدایی تر را خواهند یافت.

در طول یک هفته شرکت‌کنندگان می‌توانند به تمرین روی مباحث مطرح شده بپردازند، و عملا پیش‌روی مناسبی در شبیه‌سازی با آن به دست بیاورند. در هفته دوم، شبیه‌سازهای حرفه ای تر مورد بررسی قرار خواهد گرفت که در مجموع ، مباحث بالا پوشانده خواهد شد. انشا الله امیدواریم که مجموعه مناسبی از اطلاعات، و راهی سریع برای ورود حوزه‌ی وسیع استفاده کنندگان از این نرم‌افزار ارائه بشود.

برای اطلاعات بیشتر و ثبت نام، میتوانید به سایت انجمن فیزیک ایران مراجعه کنید:

http://psi.ir/farsi.asp?page=nsw1

سلسله کارگاه‌های شبیه‌سازی در مقیاس نانو

دوره آموزشی نرم افزار LAMMPS

(همراه با کارگاه عملی)

۵ و ۱۲ اسفند ۱۳۸۹
دانشکده فیزیک دانشگاه تهران

فایرفوکس و کار با صفحات باز به صورت سه بعدی

اگر با نرم‌افزار سفری در مکینتاش آشنا باشید، امکانات جالبی برای مدیریت صفحات باز داخل این مرورگر اینترنت دارد. شما مثلا می‌توانید همه‌ی صفحات را همزمان و به صورت کوچکتر در کنار هم نمایش دهید و یکی از آنها را انتخاب کنید. این امکان در کروم و فایرفوکس هم وجود دارد که آنها را میتوانید به مرورگر خود اضافه کنید.

در لینوکس، با اضافه نمودن foxtab میتوانید چنین قابلیتی را به مرورگر خود اضافه کنید.
کافیست در منوی Tools گزینه Add-ons را انتخاب کنید، و در آنجا foxtab را جستجو و سپس نصب کنید. در کنار آدرس-بار یک گزینه جدید ظاهر میشود که همه کارها به عهده آن است.

http://www.foxtab.com/

واژگان:

Safari, Tab, Internet, browser, Google Chrome, Firefox

نصب اوبونتو و سرعت کم منبع به روز رسانی

سعی می‌کنم چند تجربه از نصب اوبونتو رو به اشتراک بگذارم.
انتخاب یک مرجع پر سرعت برای به روز کردن:
اگر به هنگام به روز کردن اوبونتوی خود یا هنگام نصب نرم‌افزار جدید، میبینید که سرعت دانلود آن خیلی کم است، می‌توانید منبعی که دارد از آن دانلود می‌کند را عوض کنید. به منوی Administrator باید بروید و Software Sources انتخاب کنید. آنجا از گزینه دانلود other را انتخاب کنید و گزینه Select Best Server را انتخاب کنید، خودش پر سرعت ترین گزینه را برای شما پیدا می‌کند.
مرجع:

http://blog.techfun.org/2009/04/how-to-select-the-fastest-ubuntu-repository-mirror/

برای اینکه ببینید از کجا دانلود می‌کند به فایل زیر می‌توانید مراجعه کنید:

/etc/apt/sourcs.list

البته راه‌های بهتری هم هست؛ مثلا اگر همیشه اینترنت پر سرعت ندارید می توانید DVD اوبونتو را از جایی پیدا کنید (دانلود کنید) و به مراجع آن اضافه کنیم. من قصد داشتم این کار را انجام دهم ولی موفقیت آمیز نبود. فایلهای iso اضافه شده، ولی باز هم می‌رود از اینترنت هرچه میخواهم دانلود می‌کند!

مرجع:

http://twitteling.com/2010/06/how-to-install-ubuntu-repository-dvd-lucid-lynx-10-04/
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=35807

باز کردن مستقیم ترمینال از فایل بروزر

ترمینال در ناتیلوس:
معمولا وقتی با یک فایل بروزر شبیه به ناتیلوس به یک مکان می‌روید ممکن است بخواهید یک ترمینال در همان مکان باز کنید. در KDE این امکان قبلا در فایل بروزر konqueror بود و خیلی کار راه انداز بود. الان که کمی مجبور به استفاده از دسکتاپ گنوم شدم، معادل آنرا پیدا کردم. باید nautilus-open-terminal را
نصب کنید که این کار را برای شما انجام دهد. یک قابلیت به ناتیلوس اضافه می‌شود. یکبار هم باید گنوم(یا ناتیلوس) را ری‌استارت کنیم.

واژه نامه:
file browser, gnome desktop, nautilus


Grsync نرم‌افزار مناسب لینوکس برای گرفتن بک-آپ

در اصل نرم افزار rsync است که به صورت گرافیکی مورد استفاده قرار میگیرد. بسیار ساده و قابل استفاده برای برداشتن نسخه پشتیبانی از درایوها، فولدر ها و فایلها.

مرجع:

https://help.ubuntu.com/community/rsync#grsync

واژگان:

Simple Backup

اجرای نرم افزار های ویندوز در لینوکس با CrossOver

اگر با wine آشنا باشید، نرم افزاری است که به وسیله آن می‌توان بسیاری از نرم‌افزارهای ویندوز را در لینوکس اجرا کرد. با کراس‌اور که بر پایه همین نرم افزار ساخته شده این کارها بسیار راحت تر شده است.

اطلاعات بیشتر:

http://www.computerworld.com/s/article/9168618/CrossOver_Linux_9_Run_Windows_apps_without_Windows

و

http://www.codeweavers.com/products/cxlinux/

برنامه های مورد نیازبرای نصب:

http://www.codeweavers.com/products/cxlinux/requirements/

واژگان:

crossover linux