۱۳۹۷ تیر ۹, شنبه

Hydrodynamics of Diffusion in Lipid Membrane Simulations

https://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevLett.120.268104

۱۳۹۷ خرداد ۲۰, یکشنبه

نوشتن متن انگلیسی:‌ برای بهتر نوشتن

چندین سایت هستند که به شما کمک می کنند که در نوشتن بهتر متون انگلیسی. یعنی در قسمتی از متنی که می خواهید بنویسید، دچار شک می شوید که آیا از این عبارت مردم استفاده می کنند یا نه. یا مثلا در این حوزه تخصصی (شیمی، فیزیک ...) این نحوه بیان بیشتر رایج است یا دیگری. در اینصورت بهتر است که با متون معتبر چک کنید که آیا از این استایل یا عبارت زیاد استفاده می شود یا نه. 

این سایتها مثلا در مقالات مجلات معتبر یا روزنامه ها چک می کند که این عبارت رایج است یا نه.

یکی از این سایتها Ludwig است:

Ludwig is the linguistic search engine that helps you to write better in English
https://ludwig.guru/


۱۳۹۷ اردیبهشت ۱۱, سه‌شنبه

How to run Ubuntu Linux inside Windows 10

https://www.pcgamer.com/linux-in-windows-10/

۱۳۹۶ خرداد ۲۷, شنبه

ساخت یک کپی یا تصویر (image) از درایو USB در لینوکس

اگر می خواهید یک تصویر یا کپی کامل (image) از درایو USB‌ خود داشته باشید، در لینوکس چند راه وجود دارد. 

یکی از ساده ترین راه ها که به شما یک کپی از نوع iso می دهد به شرح زیر است:

$sudo dd if=/dev/sdb1 of=usb-Windows10-image.iso

در اینجا if‌ آدرس درایو ورودی و of آدرس فایل خروجی است.

فرمت iso‌ فرمتِ استانداردی است که در اکثر سیستم ها میتوانید به عنان تصویری از یک درایو از آن استفاده نمایید. 

اگر بخواهید بدانید که آدرس درایو شما چیست، به راحتی با دستور df میتوانید به آن دست پیدا کنید.

مرجع:
https://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1043014

کلمات کلیدی:
تصویر، usb drive

۱۳۹۴ آذر ۱۲, پنجشنبه

بستن یک ترمینال غیر فعال در لینوکس

بعضی اوقات یک ترمینال که باز هست و کاری با آن انجام میدهیم (مثلا به کامپیوتر دیگری ssh میکنیم)، قفل می شود و غیر فعال می شود. این غیر فعال شدن را نمیتوان الزاما با بستن گرافیکی ترمینال از بین برد. بعضی اوقات پیش می آید که ترمینال را می بندیم ولی ارتباط ssh ای که با آن وصل بودیم هنوز قطع نشده است. 

برای این راهی هست که کلا آن ترمینال را kill کنیم تا کلا همه فعالیتهای آن بسته شود.

ابتدا باید ببینید که چه ترمینالی یا چه ارتباطی را می خواهید ببندید. برای آن از دستور "w" می توانید استفاده کنید. لیست pts ها را می دهد. مثلا:
$ w                                                                                                                                                             USER     TTY      FROM             LOGIN@   IDLE   JCPU   PCPU WHAT
smvaez   :0           :0                         11:41    ?xdm?   15:11   0.37s  init --user
smvaez   pts/6      :0                         12:13    2.00s      0.04s    0.00s  w
smvaez   pts/11    :0                         11:41    44:31     0.00s    2.61s  kdeinit4: kded4 [kdeinit]                 smvaez   pts/12    :0                         12:28    2.00s     0.02s  0.02s bash
     
سپس شما بر اساس زمان تماس و یا هر نشانه دیگری تصمیم می گیرید که آن ترمینال را از بین ببرید. اول باید PID مربوط به آن ترمینال را پیدا کنید. مثلا در مورد بالا، برای pts/6 و pts/11، از دستور زیر استفاده میکنیم:
$ ps -ft pts/6 -t pts/12
که لیست زیر حاصل می شود:
UID        PID  PPID  C STIME TTY          TIME CMD
smvaez    6134  2373  0 12:13 pts/6    00:00:00 /bin/bash
smvaez    7516  7514  0 12:28 pts/12   00:00:00 bash
سپس مثلا pts/6 را از بین می بریم:
$ kill 6134


مرجع نمونه:

۱۳۹۴ آذر ۸, یکشنبه

فعالسازی دوباره کلید تنظیم نور در لپتاپ: سیستم عامل لینوکس

از سیستم عامل Xubuntu استفاده میکنم روی لپتاپم. کلید تنظیم نورش کار نمیکرد. البته اولش کار میکرد ولی پس از مدتی خراب شد.
دستوراتی پیدا کردم که با کامند لاین بتوانم تنظیمات را انجام دهم:
$ xrandr --output eDP1 --brightness 0.7
در اینجا eDP1 اسم مانیتور لپتابم است. با دستور زیر می توانید آنرا استخراج کنید:
$ xrandr -q | grep ' connected' |  head -n 1 | cut -d ' ' -f1

و عددی هم که آنجا ۰.۷ گذاشته ام را عددی بین صفر و یک میتوانیم بدهیم که عدد یک بیشترین نور را خواهد داشت.

ولی بعد از مدتی خسته شدم و گشتم دنبال راهی که دوباره کلیدهای تنظیم نور کار کنند.  لینک زیر راه تنظیم دوباره کلیدهای مربوطه را آموزش داده است:

۱۳۹۴ خرداد ۹, شنبه

نصب نرم افزار Adobe Acrobat Reader روی Xubuntu 14.10

اخیرا به نسخه‌ی Xubuntu علاقمند شدم. چون از دسکتاپ Unity که به صورت پیش فرض در Ubuntu هست خیلی خوشم نمی‌آید و این نسخه‌های Xubuntu خیلی سبک هستند، از این بابت از این نسخه ها استفاده میکنم.

بنا بر این نیاز دارم که روی نسخه ۶۴ بیتی این ویرایش چیزهایی را نصب کنم. 

یکی از این نرم‌افزار های پر کاربرد Adobe Acrobat Reader است که در سایت زیر:
نصب تر و تمیزی از آن را پیدا کردم:

sudo add-apt-repository "deb http://archive.canonical.com/ precise partner"
sudo apt-get update
sudo apt-get install acroread

پس از نصب بهتر است که مخزن precise را بهتر است پاک کنیم:
sudo add-apt-repository -r "deb http://archive.canonical.com/ precise partner"
sudo apt-get update

واژگان:
repository, 

۱۳۹۴ اردیبهشت ۱۱, جمعه

آموزش نصب بوت دوگانه ویندوز و لینوکس بر روی رایانه

بعضی از دوستان درباره نصب همزمان لینوکس و ویندوز روی کامپیوتر خود سؤال می پرسند. در لینک زیر اطلاعات خوبی دراین خصوصی می‌توانید بخوانید.

http://farnet.ir/1394/02/103022/how-to-dual-boot-linux-on-your-pc/

۱۳۹۳ دی ۲۲, دوشنبه

کارگاه شبیه‌سازی با نرم‌افزار DFTB

چندی پیش که با دکتر نیک عمل صحبتی داشتم ایشان نرم افزاری را به من معرفی کردند، یعنی DFTB که مخفف  Density Functional based Tight Binding است. این نرم افزارامکان شبیه سازیهای نسبتا طولانی با دقت کوانتمی را امکان پذیر میکند. 

مشکل اساسی نرم افزارهای دینامیک مولکولی کوانتمی، حجم زیاد محاسبات و ضعف آنها در محاسبات برای مدت زمانهای طولانی است. درحالیکه از نظر زمانی، نسبت به شبیه سازیهای رایج کلاسیکی حدودا سه مرتبه بزرگی (زیاد و کم) کند تر هستند. ولی این نرم افزار حدودا دو مرتبه بزرگی از معادل کوانتمی خود سریعتر است. البته این تنها خاصیت این بسته محاسباتی نیست.

این نرم افزار در تقریب خاصی کار میکند که همان Tight binding یا تنگ بست یا تنگابست است. ولی اگر برای سیستمی این تقریب مناسب باشد، مثلا گرافین، برای مقاصد خاصی میتوان به راحتی و با احتیاط هایی از آن استفاده کرد.

در گردهمایی ماده چگال زنجان امسال هم خوشبختانه با پوستر یکی از دانشجویان دکتر مجتبی علایی از صنعتی اصفهان مواجه شدم که از همین نرم افزار استفاده میکردند، که نشان میداد دو گروه حداقل در ایران با این نرم افزار آشنا هستند. لذا به درخواست کمیته فیزیک محاسباتی انجمن فیزیک ایران و با حمایت دانشگاه شهید رجایی، کارگاهی در این خصوص در دانشگاه شهید رجایی، به تاریخ ۲۹ و ۳۰ بهمن ماه ۱۳۹۳ در این دانشگاه برگزار خواهد شد، که به نظرم فرصت مناسبی خواهد بود برای علاقمندان.

مراجع:
http://www.dftb.org/home/
http://www.psi.ir/farsi.asp?page=dftb93

تقسيم کردن یک فایل زیپ شده‌ی بزرگ، برای جابجایی راحت‌‌تر

اگر در شبیه سازیها اجراهای بزرگی داشته باشید، و نتیجه آنها فایلهای بزرگی تولید کند، یکی از مشکلات شما جابجاکردن این فایلها خواهد بود و در همان موسسه اى که هستید برنامه‌‌ها اجرا نشده باشد، ممکن است مجبور باشید از طریق اینترنت، فایلها را پیوست کنید. مثلا از طریق دراپ باکس.
همانطور که می دانید اگر بخواهیم از طریق ایمیل و یا سیستم دراپ باکس فایلها را ارسا ل کنید، فایل جحیم مکافات زیادی دارد. ولی یک راه‌‌ حل آنست که فایل را در مبدأ به تکه‌هایی کوچکتر تقسیم کنیم و پس از انتقال آنها را به هم بچسبانیم.
روش ساده: اول مجموعه موردنظرتان را زیپ کنید
$zip  -r Test.zip ;
حال فایل حجیم Test.zip درست شد. حالا اگر دستور
$zip Test.zip --out final.zip  -s 50m
را اجرا کنید یکسری فایل به نام‌‌های final.z01 و final.z02 و ... به همراه یک فایل final.zip ساخته می‌شود که حداکثر حجم آنها 50MB است. مشخص است که این مجموعه از فایلهای پنجاه  مگا بایتی را راحت تر می توان جابجا کرد. 

پس از انتقال، می‌‌توان با دستور زیر این مجموعه را به فایل زیپ اولیه تبدیل کرد:
 $zip final.zip

 واژگان:
zip, Dropbox, 
مرجع: Reference
How do I split a .zip file into multiple segments?
http://superuser.com/questions/336219/how-do-i-split-a-zip-file-into-multiple-segments