ه‍.ش. ۱۳۹۳ دی ۲۲, دوشنبه

کارگاه شبیه‌سازی با نرم‌افزار DFTB

چندی پیش که با دکتر نیک عمل صحبتی داشتم ایشان نرم افزاری را به من معرفی کردند، یعنی DFTB که مخفف  Density Functional based Tight Binding است. این نرم افزارامکان شبیه سازیهای نسبتا طولانی با دقت کوانتمی را امکان پذیر میکند. 

مشکل اساسی نرم افزارهای دینامیک مولکولی کوانتمی، حجم زیاد محاسبات و ضعف آنها در محاسبات برای مدت زمانهای طولانی است. درحالیکه از نظر زمانی، نسبت به شبیه سازیهای رایج کلاسیکی حدودا سه مرتبه بزرگی (زیاد و کم) کند تر هستند. ولی این نرم افزار حدودا دو مرتبه بزرگی از معادل کوانتمی خود سریعتر است. البته این تنها خاصیت این بسته محاسباتی نیست.

این نرم افزار در تقریب خاصی کار میکند که همان Tight binding یا تنگ بست یا تنگابست است. ولی اگر برای سیستمی این تقریب مناسب باشد، مثلا گرافین، برای مقاصد خاصی میتوان به راحتی و با احتیاط هایی از آن استفاده کرد.

در گردهمایی ماده چگال زنجان امسال هم خوشبختانه با پوستر یکی از دانشجویان دکتر مجتبی علایی از صنعتی اصفهان مواجه شدم که از همین نرم افزار استفاده میکردند، که نشان میداد دو گروه حداقل در ایران با این نرم افزار آشنا هستند. لذا به درخواست کمیته فیزیک محاسباتی انجمن فیزیک ایران و با حمایت دانشگاه شهید رجایی، کارگاهی در این خصوص در دانشگاه شهید رجایی، به تاریخ ۲۹ و ۳۰ بهمن ماه ۱۳۹۳ در این دانشگاه برگزار خواهد شد، که به نظرم فرصت مناسبی خواهد بود برای علاقمندان.

مراجع:
http://www.dftb.org/home/
http://www.psi.ir/farsi.asp?page=dftb93

تقسيم کردن یک فایل زیپ شده‌ی بزرگ، برای جابجایی راحت‌‌تر

اگر در شبیه سازیها اجراهای بزرگی داشته باشید، و نتیجه آنها فایلهای بزرگی تولید کند، یکی از مشکلات شما جابجاکردن این فایلها خواهد بود و در همان موسسه اى که هستید برنامه‌‌ها اجرا نشده باشد، ممکن است مجبور باشید از طریق اینترنت، فایلها را پیوست کنید. مثلا از طریق دراپ باکس.
همانطور که می دانید اگر بخواهیم از طریق ایمیل و یا سیستم دراپ باکس فایلها را ارسا ل کنید، فایل جحیم مکافات زیادی دارد. ولی یک راه‌‌ حل آنست که فایل را در مبدأ به تکه‌هایی کوچکتر تقسیم کنیم و پس از انتقال آنها را به هم بچسبانیم.
روش ساده: اول مجموعه موردنظرتان را زیپ کنید
$zip  -r Test.zip ;
حال فایل حجیم Test.zip درست شد. حالا اگر دستور
$zip Test.zip --out final.zip  -s 50m
را اجرا کنید یکسری فایل به نام‌‌های final.z01 و final.z02 و ... به همراه یک فایل final.zip ساخته می‌شود که حداکثر حجم آنها 50MB است. مشخص است که این مجموعه از فایلهای پنجاه  مگا بایتی را راحت تر می توان جابجا کرد. 

پس از انتقال، می‌‌توان با دستور زیر این مجموعه را به فایل زیپ اولیه تبدیل کرد:
 $zip final.zip

 واژگان:
zip, Dropbox, 
مرجع: Reference
How do I split a .zip file into multiple segments?
http://superuser.com/questions/336219/how-do-i-split-a-zip-file-into-multiple-segments