رسم منحنی و استفاده از نرم‌افزارهای مختلف در فضای‌ابری یا با معادل متن‌باز همان نرم‌افزارها

 با سلام

 آیا امروزه روز لازم است که همه‌ی فایلهایی که با آن کار می‌کنیم را روی کامپیوتر یا شخصی خود ذخیره کنیم؟

پاسخ به این سوال مهم تفکری را به وجود آورده است که امروزه بسیاری از مردم در سراسر دنیا، با آن در زمینه های تخصصی و غیر تخصصی خود کار میکنند. به عنوان مثال اگر شما هر از چند گاهی با نرم افزار Excel کار می‌کنید، آیا لازم است که حجم زیادی از کامپیوتر خود را به نسخه نصب شده آن اختصاص دهید؟ پاسخ منفی است. به خاطر اینکه شما می توانید از فضاهای ابری که توسط شرکت های بزرگ برای استفاده های این گونه در نظر گرفته شده‌اند، استفاده نمایید.

 همچنین ممکن است نرم افزار مورد نظر شما رایگان نباشد. درست است که شما در ایران ممکن است نسخه قفل شکسته آنرا با دو هزارتومان در میدان انقلاب پیدا کنید، ولی در آینده این روش جوابگوی شما نیست. 

در پاسخ به مشکل فوق، گروه هایی با تغییراتی جزئی نرم افزار مورد نظر شما را تولید کرده باشند و ما برون مشکل بتوانید از آن نسخه استفاده نمایید. به عنوان مثال نرم افزار های مایکروسافت آفیس که شامل تعدادی نرم افزار پرکاربرد هستند، دارای مشابه هایی است که یکی از آنها در گوگل توسعه داده شده، و هم به صورت آنلاین و هم روی گوشی‌های اندروید و کروم‌بوک ها قابل دسترس است. همچنین نسخه‌ی متن باز (open source) آفیس با نام LibreOffice توسط گروهی دیگر توسعه داده شده و روی همه سیستم عاملها قابل نصب و استفاده است. لذا به نظر می رسد تنها با اتصال به اینترنت میتوانیم بدون دغدغه کارهای روزمره خود را پیش ببریم.

به جدول زیر توجه کنیم:

مثلا برای آفیس ویندوز چه معادلهایی وجود دارد؟

LibreOffice

FreeOffice

WPS Office

Calligra

OfficeSuite

Polaris Office

OnlyOffice

WordPerfect

Zoho Workplace

Google Workplace

برای Matlab چه جایگزینهای متن‌باز وجود دارد؟

GNU Octave

Scilab

در اولیت اقدام برای هر نرم افزار مورد نظرتان می توانید از سایت Alternativeto معادل متن باز یا ابری و هر نوع دیگر زا بیابید:

https://alternativeto.net/

کلمات کلیدی:

Open source, LibreOffice, Excel, Microsoft Office, Cloud computing, Google spreadsheet

Hydrodynamics of Diffusion in Lipid Membrane Simulations

https://link.aps.org/doi/10.1103/PhysRevLett.120.268104

نوشتن متن انگلیسی:‌ برای بهتر نوشتن

چندین سایت هستند که به شما کمک می کنند که در نوشتن بهتر متون انگلیسی. یعنی در قسمتی از متنی که می خواهید بنویسید، دچار شک می شوید که آیا از این عبارت مردم استفاده می کنند یا نه. یا مثلا در این حوزه تخصصی (شیمی، فیزیک ...) این نحوه بیان بیشتر رایج است یا دیگری. در اینصورت بهتر است که با متون معتبر چک کنید که آیا از این استایل یا عبارت زیاد استفاده می شود یا نه. 

این سایتها مثلا در مقالات مجلات معتبر یا روزنامه ها چک می کند که این عبارت رایج است یا نه.

یکی از این سایتها Ludwig است:

Ludwig is the linguistic search engine that helps you to write better in English
https://ludwig.guru/

Ovito: مشاهده نتایج شبیه سازی دینامیک مولکولی

این نرم افزار به صورت استاندارد بر روی سیستم عامل لینوکس وجود دارد و میتوان از افزونه‌های مختلف دانلود و نصب کرد.

همچنین نسخه ویندوز آن نیز قابل دانلود است.

آموزش نصب بوت دوگانه ویندوز و لینوکس بر روی رایانه

بعضی از دوستان درباره نصب همزمان لینوکس و ویندوز روی کامپیوتر خود سؤال می پرسند. در لینک زیر اطلاعات خوبی دراین خصوصی می‌توانید بخوانید.

http://farnet.ir/1394/02/103022/how-to-dual-boot-linux-on-your-pc/

کارگاه شبیه‌سازی با نرم‌افزار DFTB

چندی پیش که با دکتر نیک عمل صحبتی داشتم ایشان نرم افزاری را به من معرفی کردند، یعنی DFTB که مخفف  Density Functional based Tight Binding است. این نرم افزارامکان شبیه سازیهای نسبتا طولانی با دقت کوانتمی را امکان پذیر میکند. 

مشکل اساسی نرم افزارهای دینامیک مولکولی کوانتمی، حجم زیاد محاسبات و ضعف آنها در محاسبات برای مدت زمانهای طولانی است. درحالیکه از نظر زمانی، نسبت به شبیه سازیهای رایج کلاسیکی حدودا سه مرتبه بزرگی (زیاد و کم) کند تر هستند. ولی این نرم افزار حدودا دو مرتبه بزرگی از معادل کوانتمی خود سریعتر است. البته این تنها خاصیت این بسته محاسباتی نیست.

این نرم افزار در تقریب خاصی کار میکند که همان Tight binding یا تنگ بست یا تنگابست است. ولی اگر برای سیستمی این تقریب مناسب باشد، مثلا گرافین، برای مقاصد خاصی میتوان به راحتی و با احتیاط هایی از آن استفاده کرد.

در گردهمایی ماده چگال زنجان امسال هم خوشبختانه با پوستر یکی از دانشجویان دکتر مجتبی علایی از صنعتی اصفهان مواجه شدم که از همین نرم افزار استفاده میکردند، که نشان میداد دو گروه حداقل در ایران با این نرم افزار آشنا هستند. لذا به درخواست کمیته فیزیک محاسباتی انجمن فیزیک ایران و با حمایت دانشگاه شهید رجایی، کارگاهی در این خصوص در دانشگاه شهید رجایی، به تاریخ ۲۹ و ۳۰ بهمن ماه ۱۳۹۳ در این دانشگاه برگزار خواهد شد، که به نظرم فرصت مناسبی خواهد بود برای علاقمندان.

مراجع:

http://www.dftb.org/home/

http://www.psi.ir/farsi.asp?page=dftb93

تقسيم کردن یک فایل زیپ شده‌ی بزرگ، برای جابجایی راحت‌‌تر

اگر در شبیه سازیها اجراهای بزرگی داشته باشید، و نتیجه آنها فایلهای بزرگی تولید کند، یکی از مشکلات شما جابجاکردن این فایلها خواهد بود و در همان موسسه اى که هستید برنامه‌‌ها اجرا نشده باشد، ممکن است مجبور باشید از طریق اینترنت، فایلها را پیوست کنید. مثلا از طریق دراپ باکس.

همانطور که می دانید اگر بخواهیم از طریق ایمیل و یا سیستم دراپ باکس فایلها را ارسا ل کنید، فایل جحیم مکافات زیادی دارد. ولی یک راه‌‌ حل آنست که فایل را در مبدأ به تکه‌هایی کوچکتر تقسیم کنیم و پس از انتقال آنها را به هم بچسبانیم.

روش ساده: اول مجموعه موردنظرتان را زیپ کنید

$zip  -r Test.zip ;

حال فایل حجیم Test.zip درست شد. حالا اگر دستور

$zip Test.zip --out final.zip  -s 50m

را اجرا کنید یکسری فایل به نام‌‌های final.z01 و final.z02 و ... به همراه یک فایل final.zip ساخته می‌شود که حداکثر حجم آنها 50MB است. مشخص است که این مجموعه از فایلهای پنجاه  مگا بایتی را راحت تر می توان جابجا کرد. 

پس از انتقال، می‌‌توان با دستور زیر این مجموعه را به فایل زیپ اولیه تبدیل کرد:

 $zip final.zip

 واژگان:

zip, Dropbox, 

مرجع: Reference

How do I split a .zip file into multiple segments?

http://superuser.com/questions/336219/how-do-i-split-a-zip-file-into-multiple-segments
 

کارگاه شبیه سازی دینامیک مولکولی و آموزش بسته محاسباتی لمپس (LAMMPS)، در پارک علم و فناوری قزوین

فکر میکنم این چهارمین دوره شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار لمپس است که با حمایت انجمن فیزیک ایران برگزار می‌شود. در حقیقت این دوره به عنوان یکی از مجموعه کارگاه‌هایی است شاخه فیزیک محاسباتی انجمن فیزیک ایران برگزار می‌کند، و این بار ما فکر کردیم در فکر کردیم در جایی غیر از تهران برگزار کنیم. پارک علم و فن آوری استان قزوین میهمان این برگزاری است. تعداد شرکت کنندگان در روز اول حدود ۴۰ نفر بود که به نسبت بعد مسیر و بقیه ماجراها خوب است. البته اشکالی که این بار به وجود اومد هم جالب است. به خاطر اینکه ترم دوم در امسال دو هفته کوتاه‌تر شده، خیلی‌ها امتحانات میان ترم رو توی پنجشنبه‌ها برگزار می‌کنند و بعضی از نتقاضیان به این خاطر نتونستند شرکت کنند.

در این دوره هم شبیه به دوره‌ای که تیم ما توی دانشکده فیزیک دانشگاه تهران برگزار کردیم، بین دو روز کارگاه یک هفته فاصله هست (۱۲ و ۱۹ اردیبهشت) و شرکت کنندگان یک هفته فرصت دارند که مباحثی که توی هفته اول ارایه میشه رو تمرین کنند، و امیدواریم و تجربه هم نشان داده که نتیجه بهتری از نظر راندمان یادگیری و مخصوصا اجرای مثالهای مطرح شده میتوانیم داشته باشیم.

 در هفته بعد ما به شبیه‌سازیهای حرفه‌ای تر مثل پروتینها و DNA، خواص حرارتی و کشسانی نانولوله ها و شبیه‌سازی سیستمهای درشت دانه و مواد دانه‌ای و اجرای شبیه‌سازی های لمپس با استفاده از کارتهای گرافیکی خواهیم پرداخت.

لینک کارگاه: http://www.psi.ir/farsi.asp?page=nsw4

استفاده از کامپایلرهای مختلف MPI در لینوکس CestOS نسخه ٦

١. تعداد زیادی کتابخانه برنامه نویسی MPI وجود دارند، که هر یک مزایا و معایب خودشان را دارند. مشهورترین آنها عبارتند از : LAM/MPI, OpenMPI, MPICH, MVAPICH ... 

٢. در یک سیستم هر یک از این کتابخانه ها میتوانند نسب شوند، و هر بسته نرمافزاری ممکن از با یکی از اینها بهتر کار کند. 

٣. در لینوکس های حرفه ای که بیشتر به عنوان سیستم عامل در کلاسترها  میشوند، مثل CentOS یا Red Hat Enterprise یا Scientific Linux ، بیشتر اینها وجود دارد و به سادگی میتوان آنها را نصب  کرد.

٤. اشکالی که در سیستم ها به وجود میاید نسب همزمان آنهاست چون بعضی از دستورات مثل mpirun در همه یکسان است آخر سر معلوم نیست کدوم کدوم است! 

٥. در نسخه 5 لینوکسهای که در بند ٣ ذکر شد، دستوری وجود دارد که به هر یوزر اجازه میدهد، که متناسب با علاقه، یکی از نسخه های نصب  شده را انتخاب کند، با وجود اینکه چند تا از آنها در سیستم عامل نصب است. این دستور  mpi-selector-menu  است. با اجرای این دستور کتابخانه مورد نظر انتخاب می شود و پس از یک بار خروج از حساب کاربری و ورود دوباره تنظامات مورد نظر در حساب کاربر اعمال میشود.

٦. در نسخه ۶ این سه لینوکس، دستور معرفی شده در بند ۵ وجود ندارد. در حقیقت رویکرد ردهت به این نوع تنظیمات تغییر کرده و هر یک از این کتابخانه ها به عنوان یک ماژول (madule ) در این نسخه ها تعیین گردیده است. حال اگر در سیستم هم OPenMPI و هم MPICH نصب  باشد، کافیست با نصب بسته نرافزاری  environment-modules به تنظیم کتابخانه مورد نظر خود بپردازید. ابتدا میخواهیم بدانیم چه ماژول هایی وجود دارند. با دستور   module avail  لیست ماژول  های موجود به دست می آید. سپس با دستور  module load   اسم ماژول دلخواه را داده و از آن پس دستورات مربوط به آن ماژول فعال  میشوند. به عنوان مثال  module load openmpi-x86_64 کتابخانه OpenMPI با دستور فوق فعال شده، و یا با دستور  module unload mvapich-x86_64 کتابخانه MVAPICH غیر فعال  میشود. 

 مراجع :

https://access.redhat.com/knowledge/docs/en-US/Red_Hat_Enterprise_Linux/6/html/Technical_Notes/storage.html 

http://www.linuxtopia.org/online_books/rhel6/rhel_6_technical_notes/rhel_6_technotes_storage.html

نرم‌افزار VMD: نسخه جدید

یک پست خیلی قدیمی توی این وبلاگ هست، درباره این نرم افزار که به نظر میاد خوشبختانه مورد توجه قرار گرفته.

در نسخه جدید این نرم‌افزار ( ( Version 1.9 (2011-03-14 ) فایلهای خروجی نرم‌افزار لمپس (LAMMPS) هم جزو فایلهای استاندارد ورودی قرار گرفته و میتونیم با لود کردن یک dump فایل و انتخاب نوع (LAMMPS trajectory) به عنوان نوع فایل ورودی، نتایج شبیه سازی‌های لمپس رو هم بدون مشکل با VMD ببینیم.

اگر سیستم عامل کامپیوتر شما لینوکس ۳۲ بیتی است، کافیست فایل نسخه

LINUX OpenGL, CUDA (Linux (32-bit, RHEL4 or later) with CUDA)

را دانلود و نصب کنید.

یک مشکلی در نصب این نرم‌افزار روی سیستم اوبونتوی ۱۰.۰۴ داشتم که به کمک دکتر سید علایی رفع شد. برای نصب اون احتیاج به OpenGL هست، و اون چیزی که برای نصبش لازمه نسخه libgl1-mesa-swx11 و بسته‌های مربوط به اون هست. من قبلا OpenGL داشتم ولی نسخه دیگری بود، که با VMD همخوانی نداشت و که پس از نصب، موقع اجرا ایراد می‌گرفت. پس از نصب libgl1-mesa-swx11-i686، libgl1-mesa-swx11، libosmesa6، و x11proto-gl-dev مشکل حل شد.

لازم به ذکر است که نسخه جدید CUDA رو هم پشتیبانی میکنه و اگر یکی از کارتهای گرافیکی انویدیا با قابلیت کودا داشته باشید، میتونید حظ وافر از سرعت اون ببرید.

واژگان:
Linux, Ubuntu

سیستم زمانبندی اجرای برنامه‌ها، یا صف

یکی از مهمترین مواردی که در محاسبات کامپیوتری باید در نظر گرفته شود، استفاده بهینه از تجهیزات است. یعنی حداکثر استفاده ممکن از تجهیزات کامپیوتری که در اختیار ما قرار دارد.

اگر مجبور به انجام محاسبات طولانی مدت و اجرای برنامه‌های فراوان هستیم، نمی‌توان گفت که ما به شخصه می توانیم از با برنامه‌ریزی از یک کامپیوتر به صورت بهینه استفاده کنیم. مثلا اگر مجبور به اجرای صد یرنامه هستید، و هر یک می‌تواند مستقلا اجرا شود، و یک کامپیوتر دو هسته‌ای نیز در اختیار دارید چگونه می‌توانیم بدون از دست دادن زمان بین اجراها همه‌ی آنها را اجرا کنیم.

این مسئله هنگامیکه تعداد کامپیوتر‌ها از یکی بیشتر می‌شود اهمیت بیشتری پیدا می‌کند.

یکی از بهترین راه‌های استفاده از تجهیزات برای اجرای برنامه‌های محاسباتی استفاده از سیستم صف است. این سیستم به شما اجازه ما‌دهد که برنامه‌ها را به سیستم مورد نظری که قرار است انها را اجرا کند ارائه (سابمیت) کنید و برنامه‌ها یکی پس از دیگری در صف قرار بگیرند. سپس برنامه ها به صورت مرتب و پشت سر هم -بدون به وجود آمدن وقفه بین اجرای دو برنامه- اجرا شوند. مثلا در مثالی که مطرح شد، چون کامپیوتر دو هسته‌ای است پس در آن واحد دو برنامه می تواند اجرا شود. سیستم صف به محض به اتمام رسیدن هر یک از آن دو برنامه، برنامه بعدی را مه در صف قرار گرفته اجرا می‌کند.

نرم‌افزارهای مختلفی وجود دارند که برای برنامه ریزی و اجرای برنامه‌ها در صف استفاده می‌شوند که از آن جمله PBS، LSF و OGE و Condor و غیره را می‌توان نام برد. بعضی از این نرم افزارها فرای این مسئله به بهینه توزیع نمودن اجرای برنامه های روی سیستمهای عظیم کامپیوتری و تنظیم نحوه استفاده کاربران بر اساس اولویت و حق استفاده آنها نیز می‌پردازند.

در پست‌های بعدی سعی خواهم کرد به بعضی از این سیستمها و نحوه استفاده از آنها اشاره کنم.

واژگان:

Queue
Oracle Grid Engine (OGE)
Portable Batch System (PBS)
Platform LSF
TORQUE Resource Manager
Condor High-Throughput Computing System

کارگاه شبیه سازی دینامیک مولکولی بوسیله نرم‌افزار LAMMPS

قراره کارگاه آموزشی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار LAMMPS را در دانشکده فیزیک دانشگاه تهران اجرا کنیم. این کارگاه، سرآغاز مجموعه کارگاه‌هایی خواهد بود که توسط زیر شاخه فیزیک محاسباتی انجمن فیزیک ایران برگزار می‌شود. در ادامه این کارگاه ها محاسبات موازی و محاسبات با نرم‌افزارهای رایج دیگر نظیر اسپرسو، اسپرسوی کوانتمی، محاسبات کوانتمی و غیره نیز توسط گروه های متخصص دیگر توسط انجمن و با همکاری دانشگاه های دیگر برگزار خواهد شد.

این کارگاه قرار است رنگ و بوی نانو داشته باشد و موضوعاتی چون

آشنایی با شبیه سازی دینامیک مولکولی

شبیه سازی نانوساختارها

شبیه سازی نانولوله‌های کربنی و صفحات گرافین

محاسبه خواص مکانیکی و حرارتی نانوساختارها

شبیه سازی با پتانسیلهای درشت دانه

شبیه سازی سیستمهای زیستی نظیر پروتئینها

مورد بررسی قرار خواهد گیرد.

یکی از نکاتی که ما امیدواریم در این دوره به آن دست پیدا کنیم، همراهی بیشتر شرکت کنندگان با مباحث مطرح شده است. معمولا در کارگاه ها در مدت زمان کوتاه، اطلاعات زیادی به شرکت کنندگان داده می‌شود، درحالیکه شاید آنها فرصت مناسب برای تمرین روی آنها رو نداشته باشند. عملا ما راه‌کاری که برای این دوره در نظر گرفته‌ایم، برگزاری دوره در دو روز با فاصله زمانی یک هفته ای است. در روز اول به شرکت کنندگان اطلاعات اولیه و آموزشهای مقدماتی تر داده خواهد شد. در پایان روز اول آنها عملا قابلیت استفاده از نرم‌افزار و شبیه‌سازیهای ابتدایی تر را خواهند یافت.

در طول یک هفته شرکت‌کنندگان می‌توانند به تمرین روی مباحث مطرح شده بپردازند، و عملا پیش‌روی مناسبی در شبیه‌سازی با آن به دست بیاورند. در هفته دوم، شبیه‌سازهای حرفه ای تر مورد بررسی قرار خواهد گرفت که در مجموع ، مباحث بالا پوشانده خواهد شد. انشا الله امیدواریم که مجموعه مناسبی از اطلاعات، و راهی سریع برای ورود حوزه‌ی وسیع استفاده کنندگان از این نرم‌افزار ارائه بشود.

برای اطلاعات بیشتر و ثبت نام، میتوانید به سایت انجمن فیزیک ایران مراجعه کنید:

http://psi.ir/farsi.asp?page=nsw1

سلسله کارگاه‌های شبیه‌سازی در مقیاس نانو

دوره آموزشی نرم افزار LAMMPS

(همراه با کارگاه عملی)

۵ و ۱۲ اسفند ۱۳۸۹
دانشکده فیزیک دانشگاه تهران

مشکل فونتهای LaTex در Matlab

توی سیستم عامل لینوکس از متلب استفاده می‌کردم که به مشکلی برخوردم. فونتهای لاتک در کشیدن نمودارها درست نوشته نمی شد. یعنی مثلا اگر می‌خواستم محور عمودی دارای برچسب خاصی که با لاتک نوشته بودم بشود، چرت و پرت می نوشت.

در سایت زیر حل مشکل رو پیدا کردم. ماجرا از این قراره که فونتهای بسته نرم‌افزاری latex-xft-fonts با فونتهای متلب قاطی میشوند. باید این بسته نرم افزاری رو پاک کنیم. با پاک کردن )و احیانا یکبار restart( دیگه برچسب محور رو درست میکشه.

برای مثال می‌تونید این رو امتحان کنید، تا از صحت برنامه خود مطمين شوید:

ylabel('$$ \chi_q \over q$$', 'FontSize', 16,'Interpreter','LaTex' )

مرجع:

http://www.mathkb.com/Uwe/Forum.aspx/matlab/132246/MATLAB-and-Linux-incorrect-characters-displayed-by-latex-interpreter

واژگان:

Latex, Linux, Label

نصب VMD در Ubuntu 10.04

در هنگام نصب VMD در اوبونتو ۱۰.۰۴ اشکالی پیش می‌آید که ناشی از نبود کتابخانه libstdc++.so.5 است که در این نسخه موجود نیست. برای حل این مشکل می‌توانید به صورت زیر عمل کنید:

wget http://ftp.us.debian.org/debian/pool/main/g/gcc-3.3/libstdc++5_3.3.6-18_i386.deb

sudo dpkg -i libstdc++5_3.3.6-18_i386.deb

ادامه کارهمانند پست قبلی است:

http://condmatt.blogspot.com/2008/11/vmd.html

مرجع:

http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1406616

یه لینک دیگر هم هست که برای نصب اطلاعات داده:

http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1098590

ساختن فایل اجرایی در MATLAB

این روش را دیروز از دکتر رحیمی‌تبار یاد گرفتم. اگر بخواهید برنامه‌ای را که به زبان متلب نوشته شده به کسی بدهید و نخواهید سورس آنرا به صورت یک ام-فایل متلب در اختیار او قرار دهید، این نرم افزار گزینه‌ای در نظر گرفته است که پی-کد نام دارد.

pcode دستوری در متلب است که یک ام-فایل را تبدیل به کد اجرایی متلب با پسوند پی می‌کند.

روش کار: ام-فایل خود را در workspace کپی کنید (مثلا فایل test.m ). بعد از دستور

pcode test.m

استفاده کنید. با اجرای این دستور فایل test.p ساخته می‌شود که یک فایل اجرایی در متلب است. حال می‌توانید آنرا بدون نیاز به ام-فایل مربوطه اجرا کنید.

واژگان:

P-code, MATLAB, M-fil, Making executable file

نصب Octave روی CentOS 5

همانطور که قبلا هم نوشته بودم، اکتیو یک نرم‌افزار محاسباتی قوی شبیه به MATLAB است، که مجانی است. در نسخه‌های جدید CentOS این نرم افزار به صورت rpm روی DVD ی سیستم عامل مهیا نیست، و حتی با yum و اینها هم نمی‌توان آنرا به سیستم اضافه کرد. من در جستجویی که داشتم نسخه‌های مختلف rpm آنرا هم پیدا کردم، ولی متاسفانه، در هنگام نصب دچار مشکل شد. در چنین مواقعی می‌توان از نسخه‌ی باز آن استفاده کرد. اول باید آنرا دانلود کنیم، و سپس کامپایل و نصب نماییم.

برای نصب اکتیو من دچار مشکلات عدیده شدم، به خاطر اینکه نرم‌افزار جدید اکتیو، نسخه‌ی octave-3.0.3 روی لینوکس من نصب نمی‌شد. لذا مجبور شدم نسخه‌های قدیمیتر اکتیو را پیدا کرده و به نصب آنها بپردازم! لذا نسخه‌ی octave-2.1.73.tar.gz را از آدرس فوق برداشته و به صورت زیر نصب کردم.

./configure --with-f77=gfortran
make
make install

مشکل عمده‌ای که وجود داشت استفاده از کامپایلر g77 یا f77 در اکتیو بود. این اینها از 3.4.6 به بعد به روز نمی‌شوند، لذا کتابخانه‌ی آنها با کتابخانه‌ی 4.1 که gcc یا g++ از آنها استفاده می‌کنند همخوانی ندارد و منبع مشکلات است. برای از بین بردن این مشکل در خط اول، کامپایلر فورترن را به gfortran تبدیل کرده‌ایم که با بقیه همخوانی داشته باشد [مرجع].

البته در هنگام کانفیگور کردن ایراد می‌گرفت که نرم افزار dejagnu را ندارد، ولی وشکلی نیست، چون با استفاده از yum آنرا می‌توان نصب کرد.
----------------
واژگان:

Source code, Fortran, Compatibility,

مرجع:

http://www.centos.org/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=7958&forum=38&post_id=25086

VMD دیدن نتایج شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

یکی از مشکلاتیکه در تدریس دینامیک مولکولی با آن مواجه بودم٬ معرفی یک نرم‌افزار مناسب برای دیدن نتایج شبیه‌سازیها بود. از قبل با نرم افزار VMD که در حقیقت مخفف Visual Molecular Dynamics هست آشنا بودم، ولی نمیدونستم میشه این نرم افزار رو به عنوان نرم افزار آموزشی توی درس محاسباتی گنجوند یا نه!

حالا که بیشتر با این نرم افزار آشنا شدم نحوه نصب اونرو اینجا میارم. در یک پست دیگه سعی میکنم ساده ترین روش کار کردن با اونو بیارم.

باید ابتدا به سایت VMD مراجعه کرده و فایل سورس اونو دانلود کنیم، از اینجا:

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

هم ویرایش ویندوز داره، هم لینوکس.
برای ویندوز که فایلش رو دانلود و نصب می کنیم.

در لینوکس، وابسته به نوع کامپیوتر، یکی از نسخه ها رو دانلود می کنیم، مثلا LINUX OpenGL. سپس فایل رو با دستور

tar -xvzf vmd-1.8.4.bin.LINUX.opengl.tar.gz

باز میکنیم. ابتدا باید آنرا configure کنیم، برای سیستم خودمون. وارد فولدر مربوطه میشویم:

cd vmd-1.8.4

و برای لینوکس این نرم افزار را آماده نصب می کنیم:

./configure LINUX

سپس به فولد src می رویم و نرم افزار را نصب می کنیم:

cd src
make install

البته برای قسمت آخر باید اختیارات روت داشته باشیم تا نرم افزار نصب شود.

اخیرا در بعضی از سیستمهای عامل که این نرم افزار را نصب می‌کردم اشکالی به وجود می آمد. بعد از نصب صفحه‌ی کامند vmd باز و بسته می‌شد و نرم‌افزار درست کار نمی‌کرد. این اشکال از چند جا ممکن است ناشی شود. سیستم عامل فونت مناسب xterm را ندارد، و یا اینکه xterm روی سیستم نصب نیست و یا ورژنهای قدیمی "libstdc ++" موجود نیست. برای رفع هر یک از این اشکالات باید نرم‌افزارهای مربوطه را بر روی سیستم عامل خود نصب نمایید. مثلا در فدورا می‌توانید با دستور yum این کار را انجام دهید.

در هنگام کار کردن با این نرم افزار بعضی چیزهای دیگر هم یاد گرفتم به مرور به این پست اضافه می‌کنم؛ البته اینها را از خانم هنگامه شمس یاد گرفتم.
اگر با gromacs کار می‌کنید، و نتیجه‌ی شبیه‌سازی شما در یک فایل شامل مسیرهای شبیه سازی ( با پسوند trr) ریخته شده است، ابتدا آنرا لود کنید. سپس منوی زیر را دنبال کنید:

Graphics -> Representations -> Create Rep

و در این صورت شما می‌توانید نتایج شبیه‌سازی را ببینید. با انتخاب Drawing Method مناسب ( مثلا bond و یا CPK و یاDynamic bonds ) می توانید نتایج را ببینید.

واژگان---------------------

Source file, Gromacs, Trajectory file.

Bash Scripting 1

یکی از پرکاربردترین مزیت این گونه برنامه نویسی٬ و یا متن نویسی٬ اقدام به اجرای دسته‌ای از برنامه‌های اجرایی و یا دستورات خاص است. اگر با نرم‌افزار‌های مختلفی که کد برنامه را در اختیار شما قرار می‌دهند٬ منبع باز٬ آشنا باشید٬ این برنامه‌ها معمولا همراه با یک فایل متنی اجرایی از این نوع است. دستوراتی که باید یکی پس از دیگری اجرا شوند. شما می‌توانید همه‌ی دستورات مورد نیاز خود را در یک فایل جمع آوری نموده سپس آن فایل را اجرا کنید؛ دستوراتیکه در آن فایل نوشته‌اید یکی پس از دیگری اجرا خواهند شد.

برای مثال٬ ما می‌خواستیم یک برنامه‌ی اجرایی را به ازای آرگومانهای مختلف اجرا کنیم٬ ولی ممکن است این کار خیلی آسان به نظر نرسد. با چند خط برنامه‌نویسی از این نوع٬ این کار به راحتی قابل انجام است.

مثال: برنامه‌ی اجرایی a.out را می‌خواهیم به ازای پارامترهای مختلف اجرا کنیم. این برنامه سه آرگومان می‌پذیرد:

$./a.out 0.8 100 0.0

آرگومان اول باید عددی مثل pp باشد که مقادیر آن ۰.۸ ٬ ۰.۷۵ ٬ ... تا ۰.۵ هستند. آرگومان دوم باید یک عدد صحیح مثبت مثل A باشد و باید به ازای صد ورودی متفاوت اجرا شود. آرگومان سوم هم باید صفر باشد.

حال برنامه‌ی ساده‌ی زیر به راحتی این تعداد اجرای مورد نیاز ما را انجام می‌دهد.

for i in $(seq 1 100); do
for pp in 0.8 0.75 0.7 0.65 0.6 0.55 0.5; do
./TPexe ${pp} ${i} 0.0
done
done

کافی‌است که این چند خط را در یک فایل متنی با پسوندِ sh ٬ مثلا test.sh ذخیره کنید. سپس باید این فایل متنی را به یک فایل اجرایی تبدیل کنید:

$chmod u=xrw test.sh

سپس برنامه را شبیه به یک فایل اجرایی اجرا کنید:

$./test.sh

با این روش شما می‌توانید کارهای بسیار متنوعی را به راحتی انجام دهید. یک سایتِ نمونه که ممکن است به درد بخورد:

http://people.cs.uchicago.edu/~bomb154/154/maclabs/bash-script-lab.html

واژه‌نامه
-----------------
Bash scripting, extension, argument, executable, open source

GNU Octave و MATLAB: تفاوت در چیست؟

اگر با نرم‌افزار مت-لب آشنا باشید٬ این نرم افزار یکی از قویترین نرم افزارها برای محاسبات٬ پروسس کردن داده‌ها از جمله تبدیل فوریه گسسته و تبدیل موجک و بسیاری از این نوع محاسبات است. در عین توانایی٬ یادگیری آن بسیار ساده است و با استفاده از دستورات بسیار ساده٬ می‌توانید محاسبات بسیار پیچیده‌ای انجام دهید.

به علت اینکه این نرم‌افزار تجاری است٬ مجانی نیست و احتیاج به جواز دارد٬ ممکن است در دسترس گروهی از علاقمندان٬ به خصوص کاربران لینوکس نباشد. لذا علاقمندم نرم‌افزار مشابهی٬ به نام اًکتِیو٬ را معرفی کنم که در عین مجانی بودن بسیاری از خواص مت-لب را دارد٬ و همچنین شما می‌توانید آنرا روی سیستم عامل لینوکسِ خود٬ مثلا ردهت یا فدورا پیدا کنید. معمولا روی لوح فشرده لینوکس مورد نظر شما این نرم‌افزار موجود است٬ و شما هنگام نصب و حتی بعداٌ می‌توانید آنرا نصب کنید.

برای ورود به محیط این نرم‌افزار کافیست در ترمینال اسم آنرا بنویسید٬ سپس وارد محیط فعال آن می‌شوید.

این نرم‌افزار منوی گرافیکی ندارد و کلاٌ تحت تکست است٬ ولی می‌تواند منحنیهای دو و سه بعدی را رسم کند٬ البته با استفاده از گنوپلات.

http://www.gnu.org/software/octave/

------------
Octave, Matlab, Command line, FFT, Gnuplot

سايت تبيان و آموزش نرم افزار Matlab

اخیرا با سایت تبیان آشنا شدم. در اصل برای درس کاربرد کامپیوتر در فیزیک دنبال یه مرجع ساده و خوب برای آشنایی با نرم‌افزار مت-لب می‌گشتم که آقای مهدی انصاری راد این سایت رو معرفی کرد. مت-لب یکی از قویترین نرم‌افزارهای محاسباتی است که بسیاری از کارهای محاسباتی پیچیده رو به راحتی در اختیار کاربر قرار میده. در این سایت متن جالبی درباره‌ی آموزش مت-لب وجود دارد. در زیر آدرس سایت و همینطور لینک مربوط برای آموزش مت-لب آمده است. نکات جالبِ دیگر این سایت (تبیان) اینه که در این سایت می‌توانید چیزهای بسیار جالبی درباره‌ی آموزش نرم‌افزارهای مختلف٬ مثلا فوتوشاپ٬ طراحی صفحات وب٬ فلش٬ و ... و کلاً چیزهای مختلف در مورد کامپیوتر٬ مثلا نرم افزارهای مفید مثل دیکشنری و غیره پیدا کنیم. این اطلاعات کاملا مجانی در اختیار علاقمندان قرار گرفته.

برای دسترسی به این اطلاعات باید به سایت تبیان به آدرس::

http://tebyan.net/

و در شاخه‌ی دانلود

http://tebyan.net/download/

مراجعه کنید. ابتدا وارد سایت شوید. سپس در سمت راست صفحه وارد لینک دانلود بشوید. بعد٬ به قسمت آموزشی مراجعه کنید٬ و در صفحه‌ی دوم می‌توانید فایل آشنایی با نرم‌افزار مت-لب رو دانلود کنید.

واژه‌نامه:
Matlab, Photoshop, Flash, Download