هفتمین کنفرانس مکانیک آماری،مواد نرم و سیستم های پیچیده انجمن فیزیک ایران

امسال به همت دانشگاه زنجان، با حضور تعدادی از فیزیک پیشگان خارجی، و ایرانیان مقیم خارج و داخل، 27 و 28 آذر ماه، این کنفرانس در دانشگاه زنجان برگزار خواهد شد. سخنرانان عمدتا مدعو بوده و با توجه به تحقیقات اخیر آنها دعوت شده اند. حدودا هفت سخنران خارجی و داخلی مقیم خارج در این سمینار حضورخواهند داشت.
کنفرانس دو روزه است و برای ثبت نام یا ارسال مقاله می‌‌توان به سایت انجمن فیزیک مراجعه نمود:
http://www.psi.ir/farsi.asp?page=smc93

انتقال فولدر home به یک درایو مجزا

یکی از نکات مهمی که موقع نصب لینوکس هست اینه که فایلهای سیستم عامل بهتره که از فایلهای یوزرها جدا باشند. یعنی روت "/" تو یک پارتیشن هارد باشه و "home/" هم تو یه پارتیشن مجزا.

در این مسئله فواید زیادی هست از جمله اینکه اگه یه زمانی لینوکس شما خراب شد و مجبور بودید کل سیستم عامل رو شخم بزنید و یه چیز دیگه نصب کنید، بدون هیچ مشکلی این کار رو انجام میدید و دوباره مثل قبل "home/" هم تو یه پارتیشن مجزا است، و لی میتونید همون فایلها رو به همون کاربرها اختصاص بدید و غیره.

مشکلی که من داشتم این بود که یه کامپیوتر در اختیار من قرار گرفت که کل پارتیشن لینوکسش ۱۷ گیگابایت بود و من میخواستم "home/" بزرگ و مجزا داشته باشم. دستورالعملی که توی لینک زیر هست رپ اگه دنبال کنید این کار رو به راحتی میتونید انجام بدید. من یه پارتیشن ۵۰ گیگا بایتی دیگه رو با فرمت ext4 فرمت کردم و "home/" رو با موفقیت به اون منتقل کردم:

 How to Create a Separate Home Partition After Installing Ubuntu

 اگر از اول هم میخواهید این کار رو انجام بدید توی اون توضیح داده:

از وبگاه زیر هم کمک گرفتم،

Partitioning/Home/Moving

  بویژه برای کپی کردن فایلها از دستور rsync استفاده کرده بود، به این صورت:

sudo rsync -aXS --exclude='/*/.gvfs' /home/. /media/home/.

که استفاده کردم ، به نظرم بهتر از قبلیه است.

واژگان:

partition, folder, Linux

تقویم خوب فارسی در لینوکس: StarCalendar

دکتر نوربالا من رو با یک تقویم خوب لینوکسی آشنا کرد که هم به راحتی نصب میشه و هم مناسبتهای شمسی و قمری رو تو خودش داره. حتی اوقات شرعی رو!

به سایت StarCalendar میتونید مراجعه کنید. که همان sourceforge است. بعدش میتونید متناسب با توزیع لینوکسی که استفاده میکنید (مثلا اوبونتو یا فدورا و غیره) فایل مربوطه را دانلود و نصب کنید.

مراجع:

http://starcal.sourceforge.net/

http://sourceforge.net/projects/starcal/

فیزیک روز منتشر شد

فیزیک روز منتشر شد

کارگاه شبیه سازی دینامیک مولکولی و آموزش بسته محاسباتی لمپس (LAMMPS)، در پارک علم و فناوری قزوین

فکر میکنم این چهارمین دوره شبیه سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار لمپس است که با حمایت انجمن فیزیک ایران برگزار می‌شود. در حقیقت این دوره به عنوان یکی از مجموعه کارگاه‌هایی است شاخه فیزیک محاسباتی انجمن فیزیک ایران برگزار می‌کند، و این بار ما فکر کردیم در فکر کردیم در جایی غیر از تهران برگزار کنیم. پارک علم و فن آوری استان قزوین میهمان این برگزاری است. تعداد شرکت کنندگان در روز اول حدود ۴۰ نفر بود که به نسبت بعد مسیر و بقیه ماجراها خوب است. البته اشکالی که این بار به وجود اومد هم جالب است. به خاطر اینکه ترم دوم در امسال دو هفته کوتاه‌تر شده، خیلی‌ها امتحانات میان ترم رو توی پنجشنبه‌ها برگزار می‌کنند و بعضی از نتقاضیان به این خاطر نتونستند شرکت کنند.

در این دوره هم شبیه به دوره‌ای که تیم ما توی دانشکده فیزیک دانشگاه تهران برگزار کردیم، بین دو روز کارگاه یک هفته فاصله هست (۱۲ و ۱۹ اردیبهشت) و شرکت کنندگان یک هفته فرصت دارند که مباحثی که توی هفته اول ارایه میشه رو تمرین کنند، و امیدواریم و تجربه هم نشان داده که نتیجه بهتری از نظر راندمان یادگیری و مخصوصا اجرای مثالهای مطرح شده میتوانیم داشته باشیم.

 در هفته بعد ما به شبیه‌سازیهای حرفه‌ای تر مثل پروتینها و DNA، خواص حرارتی و کشسانی نانولوله ها و شبیه‌سازی سیستمهای درشت دانه و مواد دانه‌ای و اجرای شبیه‌سازی های لمپس با استفاده از کارتهای گرافیکی خواهیم پرداخت.

لینک کارگاه: http://www.psi.ir/farsi.asp?page=nsw4

استفاده از کامپایلرهای مختلف MPI در لینوکس CestOS نسخه ٦

١. تعداد زیادی کتابخانه برنامه نویسی MPI وجود دارند، که هر یک مزایا و معایب خودشان را دارند. مشهورترین آنها عبارتند از : LAM/MPI, OpenMPI, MPICH, MVAPICH ... 

٢. در یک سیستم هر یک از این کتابخانه ها میتوانند نسب شوند، و هر بسته نرمافزاری ممکن از با یکی از اینها بهتر کار کند. 

٣. در لینوکس های حرفه ای که بیشتر به عنوان سیستم عامل در کلاسترها  میشوند، مثل CentOS یا Red Hat Enterprise یا Scientific Linux ، بیشتر اینها وجود دارد و به سادگی میتوان آنها را نصب  کرد.

٤. اشکالی که در سیستم ها به وجود میاید نسب همزمان آنهاست چون بعضی از دستورات مثل mpirun در همه یکسان است آخر سر معلوم نیست کدوم کدوم است! 

٥. در نسخه 5 لینوکسهای که در بند ٣ ذکر شد، دستوری وجود دارد که به هر یوزر اجازه میدهد، که متناسب با علاقه، یکی از نسخه های نصب  شده را انتخاب کند، با وجود اینکه چند تا از آنها در سیستم عامل نصب است. این دستور  mpi-selector-menu  است. با اجرای این دستور کتابخانه مورد نظر انتخاب می شود و پس از یک بار خروج از حساب کاربری و ورود دوباره تنظامات مورد نظر در حساب کاربر اعمال میشود.

٦. در نسخه ۶ این سه لینوکس، دستور معرفی شده در بند ۵ وجود ندارد. در حقیقت رویکرد ردهت به این نوع تنظیمات تغییر کرده و هر یک از این کتابخانه ها به عنوان یک ماژول (madule ) در این نسخه ها تعیین گردیده است. حال اگر در سیستم هم OPenMPI و هم MPICH نصب  باشد، کافیست با نصب بسته نرافزاری  environment-modules به تنظیم کتابخانه مورد نظر خود بپردازید. ابتدا میخواهیم بدانیم چه ماژول هایی وجود دارند. با دستور   module avail  لیست ماژول  های موجود به دست می آید. سپس با دستور  module load   اسم ماژول دلخواه را داده و از آن پس دستورات مربوط به آن ماژول فعال  میشوند. به عنوان مثال  module load openmpi-x86_64 کتابخانه OpenMPI با دستور فوق فعال شده، و یا با دستور  module unload mvapich-x86_64 کتابخانه MVAPICH غیر فعال  میشود. 

 مراجع :

https://access.redhat.com/knowledge/docs/en-US/Red_Hat_Enterprise_Linux/6/html/Technical_Notes/storage.html 

http://www.linuxtopia.org/online_books/rhel6/rhel_6_technical_notes/rhel_6_technotes_storage.html

نرم‌افزار VMD: نسخه جدید

یک پست خیلی قدیمی توی این وبلاگ هست، درباره این نرم افزار که به نظر میاد خوشبختانه مورد توجه قرار گرفته.

در نسخه جدید این نرم‌افزار ( ( Version 1.9 (2011-03-14 ) فایلهای خروجی نرم‌افزار لمپس (LAMMPS) هم جزو فایلهای استاندارد ورودی قرار گرفته و میتونیم با لود کردن یک dump فایل و انتخاب نوع (LAMMPS trajectory) به عنوان نوع فایل ورودی، نتایج شبیه سازی‌های لمپس رو هم بدون مشکل با VMD ببینیم.

اگر سیستم عامل کامپیوتر شما لینوکس ۳۲ بیتی است، کافیست فایل نسخه

LINUX OpenGL, CUDA (Linux (32-bit, RHEL4 or later) with CUDA)

را دانلود و نصب کنید.

یک مشکلی در نصب این نرم‌افزار روی سیستم اوبونتوی ۱۰.۰۴ داشتم که به کمک دکتر سید علایی رفع شد. برای نصب اون احتیاج به OpenGL هست، و اون چیزی که برای نصبش لازمه نسخه libgl1-mesa-swx11 و بسته‌های مربوط به اون هست. من قبلا OpenGL داشتم ولی نسخه دیگری بود، که با VMD همخوانی نداشت و که پس از نصب، موقع اجرا ایراد می‌گرفت. پس از نصب libgl1-mesa-swx11-i686، libgl1-mesa-swx11، libosmesa6، و x11proto-gl-dev مشکل حل شد.

لازم به ذکر است که نسخه جدید CUDA رو هم پشتیبانی میکنه و اگر یکی از کارتهای گرافیکی انویدیا با قابلیت کودا داشته باشید، میتونید حظ وافر از سرعت اون ببرید.

واژگان:
Linux, Ubuntu

وقایع نادر در داده های تصادفی - نرخ ارز

این ترم درس فرایندهای تصادفی و تحلیل آنها رو داشتم. توی این درس کلی راجع به پیش بینی بازار بورس و نرخ ارز و نفت و غیره و تحقیقاتی که ملت در سراسر دنیا و ایران میکنند صحبت کردم. درباره اینکه دولتها و سرمایه‌دارها کلی خرج می‌کنند که بازار رو پیش بینی کنند.

آخر ترم می خواستم برم سفر، که ماجرای خرید یورو من هم از اینجا شروع شد:
گفتند از وقتی که ویزا و بلیت ردیف بشه میتونی بری به بانک و یورو بگیری. بانکهای شعبه ارزی یورو تا ۲۰۰۰ تا با قیمت دولتی میدن، که مجبور نشی پول اضافه به دلال ها بدی! گفتم چقدر فرقشه؟ از یک صرافی پرسیدم، گفت ۱۷۵ تومان حدودا فرقشه، یعنی تو ۱۰۰۰ تا میشه ۱۷۵ هزار تومان.
خوب کدوم بانک؟ --همه بانکا دارند، ولی همشون نمیدند. ما هم که همیشه آخر وقت میریم دنبال کارا چند روز مونده به سفر رفتم یه چند تا بانک سر زدیم.
اولی: --شما تو شعبه ما حساب نداری، فقط به مشتری های خودمون میدیم.
دومی: --سفرت کی هست؟ شنبه. --باشه برو ۴ شنبه بیا بگیر. اسمت رو تو لیست مینویسم، ۴ شنبه ساعت ۱۱ بیا.
خوب من دیگه بانک دیگه ای هم سر نزدم، و گفتم ۴ شنبه میرم از این میگیرم. ۴ شنبه صبح رفتم بانک، با شعف فراوان میگه --گرون شده! دیگه تک نرخی شده!!
همینطور هم بهش تلفن میزنند، و هی با خوشحالی میگفت من که بهتون گفتم زیاد بخرید، گرون میشه و از این حرفا!
اومدم بیرون، به بانک دیگه سر زدم نداشت. بعدش به یه صرافی زنگ زدم اونا هم گیج بودن، گفتند که هنوز قیمت بازار در نیومده، تا ۱۲ ظهر طول میکشه! ولی با این اوصاف بهتره بخری، چون الان بازار اصلان نمیفروشند!
منم مجبور شدم ۱۰۰۰ تا خریدم، مثل من هم بودن که مجبور بودن، پول ریختند و خریدند.
حالا ما اومدیم، بعدش معلوم شده که برای بررسی بازار، و پاسخ بازار به شوک!!! یک روزه نرخ رو زیاد کردن، ببینن چی میشه!
حالا که حدود ۲۵ روز گذشته، نرخ برگشته سر جاش، حتا یه مقدار هم پایین تر!
من این یورو های که خریدم رو بخوام به بانک بفروشم، ۲۰۰ هزار تومان ضرره! تنها اگه به همون دلال ها بفروشم میتونم این ضرری که بانک بهم زده رو تا یه جاهایی جبران کنم!!!
تو رو خدا به این منحنی نگاه کنید، چه میبینید؟!
http://www.cbi.ir/exrates/rates_fa.aspx

اون نوک قله زمان خرید بنده است!

مشکل Titlebar در دسکتاپ گنوم

یه اتفاقی توی لپ-تاپم افتاده بود که هر نرم‌افزاریا صفحه یا ترمینال جدید باز می کردم، آنرا تمام صفحه (fullscreen) میکرد و بالای پنجره (Titlebar) رو نشون نمی‌داد!

علاج این واقعه رو پیدا کردم. باید از windows-manager استفاده کرد و اینرا درست کرد. در حقیقت این مسئله ربطی به دسکتاپ ندارد و برای تغییر آن باید به تنظیمات ویندور-منیجر دست زد.

همین اتفاق برای دسکتاپ اتاقم هم افتاد که آخر سر نتونستم درستش کنم. از شر گنوم خودمو خلاص کردم و رفتم به KDE.

تو لینکهای زیر راه چاره رو نوشته است:
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1092502
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1234436

واژگان: Titlebar, Desktop, gnome

سیستم زمانبندی اجرای برنامه‌ها، یا صف

یکی از مهمترین مواردی که در محاسبات کامپیوتری باید در نظر گرفته شود، استفاده بهینه از تجهیزات است. یعنی حداکثر استفاده ممکن از تجهیزات کامپیوتری که در اختیار ما قرار دارد.

اگر مجبور به انجام محاسبات طولانی مدت و اجرای برنامه‌های فراوان هستیم، نمی‌توان گفت که ما به شخصه می توانیم از با برنامه‌ریزی از یک کامپیوتر به صورت بهینه استفاده کنیم. مثلا اگر مجبور به اجرای صد یرنامه هستید، و هر یک می‌تواند مستقلا اجرا شود، و یک کامپیوتر دو هسته‌ای نیز در اختیار دارید چگونه می‌توانیم بدون از دست دادن زمان بین اجراها همه‌ی آنها را اجرا کنیم.

این مسئله هنگامیکه تعداد کامپیوتر‌ها از یکی بیشتر می‌شود اهمیت بیشتری پیدا می‌کند.

یکی از بهترین راه‌های استفاده از تجهیزات برای اجرای برنامه‌های محاسباتی استفاده از سیستم صف است. این سیستم به شما اجازه ما‌دهد که برنامه‌ها را به سیستم مورد نظری که قرار است انها را اجرا کند ارائه (سابمیت) کنید و برنامه‌ها یکی پس از دیگری در صف قرار بگیرند. سپس برنامه ها به صورت مرتب و پشت سر هم -بدون به وجود آمدن وقفه بین اجرای دو برنامه- اجرا شوند. مثلا در مثالی که مطرح شد، چون کامپیوتر دو هسته‌ای است پس در آن واحد دو برنامه می تواند اجرا شود. سیستم صف به محض به اتمام رسیدن هر یک از آن دو برنامه، برنامه بعدی را مه در صف قرار گرفته اجرا می‌کند.

نرم‌افزارهای مختلفی وجود دارند که برای برنامه ریزی و اجرای برنامه‌ها در صف استفاده می‌شوند که از آن جمله PBS، LSF و OGE و Condor و غیره را می‌توان نام برد. بعضی از این نرم افزارها فرای این مسئله به بهینه توزیع نمودن اجرای برنامه های روی سیستمهای عظیم کامپیوتری و تنظیم نحوه استفاده کاربران بر اساس اولویت و حق استفاده آنها نیز می‌پردازند.

در پست‌های بعدی سعی خواهم کرد به بعضی از این سیستمها و نحوه استفاده از آنها اشاره کنم.

واژگان:

Queue
Oracle Grid Engine (OGE)
Portable Batch System (PBS)
Platform LSF
TORQUE Resource Manager
Condor High-Throughput Computing System